1960年6月扬州市人民委员会批复，同意在市第三卫生所的基础上组建扬州市人民医院。

1961年1月医院和专区水利工地医院完成合并工作。

1967年医院更名为“扬州市白求恩第二医院”。

1969年12月扬州市人民医院和扬州市妇幼保健院合并，院名仍为“扬州市人民医院”。

1980年7月江苏省卫生厅确定医院为南京医学院和扬州医学专科学校的实习基地。

1982年10月扬州市妇幼保健院从医院分出单独建院。

1983年医院升格为市（地）级综合医院。

1984年12月召开首届一次职代会，是市直卫生系统第一个建立职代会制度的单位。

1989年2月经扬州市政府批准，医院升格为副县级单位。

1991年6月成为南京医学院和扬州医学院的教学医院。

1994年7月医院更名为“扬州市第一人民医院”。

1994年8月医院被授予“双拥模范单位”称号。

1997年1月医院通过三级医院基本标准评审。

1997年2月医院成为南京铁道医学院附属扬州医院。

1999年9月医院荣获“全国精神文明建设工作先进单位”称号。

2000年3月扬州市第一人民医院第二发电有限责任公司门诊部开业。

2003年8月托管邗江县人民医院（扬州市第四人民医院）。

2004年2月托管扬州市第二人民医院。

2004年3月与邗江区卫生资产管理部心合资合作共建的“南方协和医院”开工。

2004年9月医院被评为为江苏省三级甲等医院。

2005年10月医院荣获“全国文明单位”称号。

2006年7月经扬州市机构编制委员会研究并报市委常委会审定我院为正处级单位。

2007年6月合并原扬州市第四人民医院。

2009年5月举行西区医院全面开业运行庆典仪式。

2013年10月医院通过新的医院评审标准首轮三级甲等医院评审。

2014年医院被评定为江苏省患者安全目标合格医院。

2016年1月扬州市人民政府与扬州大学签署《关于扬州市第一人民医院划转为扬州大学直属附属医院的协议书》。

2016年12月医院划转扬州大学，成为扬州大学直属附属医院。

2017年9月召开中共扬州大学附属医院第一次党员代表大会。

2018年1月医院东、西两院区社保代码进行合并，新的对外医疗机构名称为扬州大学附属医院（扬州市第一人民医院）。

2018年5月省卫生计生委将我院纳入省级医院管理序列。

2019年12月医院获江苏省“平安示范医院”称号。

2019年12月“扬州大学附属医院广陵头桥分院”揭牌。

2022年1月被命名表彰为“2019-2021年度江苏省文明单位”。

2022年1月被确认为“江苏省老年友善医疗机构优秀单位”。

2022年5月成立扬州大学附属医院医疗集团。

2024年7月成立扬州大学附属医院紧密型城市医疗集团理事会。